Ulu Cami yanında Umur-bin Savcı Medresesi olarak bilinen yapı 1965 yılında ziyarete açılmıştır. Medrese binası 1314 yılında Germiyan Beylerinden Umur Bin Savcı tarafından yaptırılmıştır. Kesme taştan inşa edilen yapının portali Selçuklu sanatının özelliklerini gösterir.
Medresede, Kapıları, kubbeli orta mekâna açılan dokuz küçük oda vardır. Müze içinde yer alan vitrinlerde geç Miyosen döneminden itibaren, Paleolitik, Kalkolitik, Eski Tunç, Hitit, Frig, Hellenistik, Roma, Bizans, Selçuklu ve Osmanlı dönemlerine ait eserler sergilenmektedir. Restorasyonu ve yeni teşhir düzenlemesi yapılarak 5 Mart 1999 tarihinde yeniden ziyarete açılmıştır.
Kütahya’da ilk müzecilik çalışmalarına 1945 yılında başlanmıştır. Vahit Paşa Kütüphanesi’nin içerisinde bir müze deposu kurulmuş, ayrıca İslâm dönemine ait eserler Pir Ahmet Beşir Türbesi’nde teşhir edilmiştir. Müzedeki eserlerin artması ile 1947 yılında İl Genel Meclisi Milli Eğitim Bakanlığı’na başvurarak Özel İdare’nin elinde bulunan Vacidiye Medresesi’nin müze halinde getirilmesini istemiştir. Arkeoloji Müzesinin resmi açılışı 6 Mart 1965 yılında olmuştur. Giriş kapısı üzerindeki kitabeden anlaşıldığına göre, bu medreseyi Germiyanoğulları devrinde Umur bin Savcı 1314 yılında yaptırmıştır.
Kütahya’da müze çalışmaları sürerken Kütahya Milletvekili Ahmet Bozbey 101 parçalık oya koleksiyonunu buraya bağışlamıştır. Daha önceki yıllarda Gıyas Sağer isimli bir kişi de Kütahya yöresinden topladığı 33 parça eseri 1936 yılında Ankara Arkeoloji Müzesi’ne vermiştir. Müze olarak düşünülen Vacidiye Medresesi’nin Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü 1956-1957 yıllarında onarımına başlamış ve onarım 1963 yılında tamamlanmıştır. Bundan sonra Topkapı Sarayı Müzesi’nden getirilen eserlerle Kütahya’da bulunan eserlerle birlikte müzenin teşhir ve tanzimi yapılmış ve 15 Mart 1965’te Müdürlük haline getirilmiştir.
Müzede tarih öncesi dönemlere ait Paleolitik, Kalkolitik, Eski Tunç, Hitit , Frig, Helenistik, Roma, Bizans, Selçuklu ve Osmanlı dönemlerine ait eserler sergilenmektedir. Özellikle Burdur Hacılar’dan gelen Geç Kalkolitik Dönem boyalı keramikleri müzenin en eski örnekleridir. Bunun yanı sıra çeşitli fosiller, Eski Tunç ve Frig dönemine ait eserler müzenin girişindeki vitrinlerde teşhir edilmektedir. Bu eserler arasında Frig çocuk oyuncakları, Ana Tanrıça, Kybele, rahipler, Satyr ve Hekate heykelleri de dikkat çekicidir. Ayrıca Helenistik ve Roma dönemlerine tarihlenen keramikler, kandiller, cam eserler, cerrahi aletler de onları tamamlamaktadır.
Aizonai örenyerinde 1990 yılında bulunan Amazon Lahti de müzenin önemli eserleri arasındadır. MS.160 yılına tarihlenen Yunanlılarla Amazonların savaşını canlandıran bu lahit döneminin sağlam kalabilmiş tek örnekleri arasındadır. Seyit Ömer Höyükte yapılan kurtarma kazısında bulunan küpler, kemik aletler, kiremitler; Ağızören kurtarma kazısında müze tarafından çıkarılan Hitit dönemi buluntuları ve Roma devri mezar taşları da müzedeki önemli eserlerdendir.
Türkiye'deki Müzeler
- Adana - Atatürk ve Kültür Müzesi
- Adana Arkeoloji Müzesi
- Adana Etnografya Müzesi
- Adıyaman Müzesi
- Afyon Arkeoloji Müzesi
- Afyon Bolvadin Müzesi
- Afyon Zafer Müzesi
- Aksaray Müzesi
- Alagöz Karargah Müzesi
- Amasya Alpaslan Belediyesi Müzes
- Ankara A.O.Ç.Atatürk Evi Müzesi
- Ankara Beypazarı Tarih ve Kültür Müzesi
- Ankara Devlet Resim ve Heykel Müzesi
- Ankara Etnografya Müzesi
- Ankara Eğit-Der Eğitim Müzesi
- Ankara G.Ü.Mesleki Eğitim Fakültesi Müzesi
- Ankara Meteoroloji Müzesi
- Ankara PTT Müzesi
- Ankara Roma Hamamı
- Ankara Ziraat Bankası Müzesi
- Ankara Üniversitesi Eğitim Bilimleri Fakültesi Oyuncak Müzesi
- Atatürk ve Kurtuluş Savaşı Müzesi
- Karatepe Aslantaş Müzesi
- Misis Mozaik Müzesi
- Ankara 75.Yıl Cumhuriyet Eğitim Müzesi
- Ankara TCDD Açıkhava Buharlı Lokomotif Müzesi
- Ankara Telekomünikasyon Müzesi
- Gordion Müzesi
- Mehmet Akif Ersoy Müze Evi
- ODTÜ Bilim ve Teknoloji Müzesi
- Şefik Bursalı Müze Evi
- Pembe Köşk
- Ankara MTA Tabiat Tarihi Müzesi
- Antalya Müzesi
- Alanya Arkeoloji Müzesi
- Alanya Atatürk Evi Müzesi
- Alanya Müzesi
- Suna-İnan Kıraç Kaleiçi Müzesi
- Side Müzesi
- İç Kale Müze Projesi
- Afrodisias Müzesi
- Aydın Müzesi
- Milet Müzesi
- Yörük Ali Efe Müzesi
- Aydın Fatma Suat Orhon Müze ve Sanat Evi
- Bandırma Arkeoloji Müzesi
- Ayşe Sıdıka Erke Etnografya Müzesi
- Amasra Müzesi
- Bilecik-Söğüt Müzesi
- Ahlat Müzesi
- Bolu Müzesi
- Burdur Müzesi
- Taşoda Etnoğrafya Müzesi
- Bursa Arkeoloji Müzesi
- Bursa Kent Müzesi
- Bursa Ormancılık Müzesi
- Bursa Sağlık Müzesi
- Bursa Tofaş Anadolu Arabaları Müzesi
- Hünkar Köşkü
- Mudanya Mütareke Evi
- Uluumay Osmanlı Halk Kıyafetleri ve Takıları Müzesi
- Bursa Atatürk Evi Müzesi
- Türk ve İslam Eserleri Müzesi
- Yenişehir Şemaki Evi Müzesi
- Mudanya Tahir Paşa Konağı Müzesi
- İznik Müzesi
- İznik Ayasofya Müzesi
- Çanakkale Arkeoloji Müzesi
- Bozcaada Yerel Tarih Müzesi
- Çanakkale Bigalı Atatürk Evi Müzesi
- Gelibolu Yarımadası Tarihi Milli Parkı
- Çanakkale Kabatepe Tanıtma Merkez
- Çanakkale Şehitler Abidesi Harp Müzesi
- Çankırı Müzesi
- Çorum Müzesi
- Alacahöyük Müze ve Örenyeri
- Boğazköy Müzesi
- Hierapolis Arkeoloji Müzesi
- Denizli Atatürk Etnoğrafya Müzesi
- Ziya Gökalp Müzesi
- Cahit Sıtkı Tarancı Kültür Müzesi
- İkinci Beyazıt Külliyesi Sağlık Müzesi
- Edirne Arkeoloji ve Etnografya Müzesi
- Edirne Türk ve İslam Eserleri Müzesi
- Trakya Üniversitesi Lozan Anıtı, Meydanı ve Müzesi
- Edirne, Trakya Üniversitesi Sağlık Müzesi- Çağdaş Resim ve Heykel Müzesi
- Vali Fahri YÜCEL Edirne Kent Tarihi Müzesi
- Elazığ Müzesi
- Harput Müzesi
- Erzincan Müzesi
- Kemaliye Ali Gürer Özel Müzesi
- Erzurum Arkeoloji Müzesi
- Erzurum Atatürk Evi
- Yakutiye Medresesi
- 23 Temmuz Kongre Müzesi
- Yunus Emre Müzesi
- Seyitgazi Müzesi
- İnönü Savaşları Karargah Müzesi
- A.Ü. Cumhuriyet Tarihi Müzesi
- Eskişehir TCDD Müzesi
- Gaziantep Arkeoloji Müzesi
- Hasan Süzer Etnoğrafya Müzesi
- Yesemek Açıkhava Müzesi
- Gaziantep Kent Müzesi
- Giresun Müzesi (Gogora Kilisesi)
- Hatay Arkeoloji Müzesi
- St.Pierre Kilisesi (Anıt Müze)
- Isparta Müzesi
- Yalvaç Müzesi
- Askeri Müze
- Ayasofya Müzesi
- Aya İrini Müzesi
- Aynalıkavak Kasrı
- Beylerbeyi Sarayı
- Dolmabahçe Sarayı
- Çırağan Sarayı
- Çinili Köşk
- Florya Atatürk Köşkü
- Kariye Müzesi
- Küçüksu Sarayı
- Mecma-ı í‚sar-ı Atika Müzesi
- Miniatürk
- Orhan Kemal Müzesi
- Sadberk Hanım Müzesi
- Sait Faik Müzesi
- Sultan II. Bayezid Külliyesi Sağlık Müzesi
- Türk ve İslam Eserleri Müzesi
- Yedikule Zindanları
- Yerebatan Sarnıcı
- Yıldız Sarayı
- İstanbul Arkeoloji Müzeleri
- İstanbul Deniz Müzesi
- İstanbul Oyuncak Müzesi
- 500. Yıl Vakfı Türk Musevileri Müzesi
- Büyük Saray Mozaikleri Müzesi
- İmrahor Sarayı
- Fethiye Müzesi
- Tekfur Sarayı
- Anadolu Hisarı
- Rumeli Hisarı
- Şerifler Yalısı
- Adam Mickeiexic Müzesi
- Aydınlatma ve Isıtma Araçları Müzesi
- Ercüment Kalmık Müzesi
- Denizcilik ve Su Ürünleri Müzesi
- İstanbul Halı Müzesi
- Haluk Perk Müzesi
- Karikatür ve Mizah Müzesi
- Kazım Karabekir Paşa Müzesi
- Kilim ve Düz Yaygılar Müzesi
- Kont Seçini İtfaiye Müzesi
- İstanbul Resim ve Heykel Müzesi
- Polis Müzesi
- İstanbul PTT Müzesi
- Rahmi M. Koç Sanayi Müzesi
- Sadberk Hanım Müzesi
- Sait Faik Abasıyanık Müzesi
- Yıldız Şehir Müzesi
- Tanzimat Müzesi
- Türk İnşaat ve Sanat Eserleri Müzesi
- Türk Vakıf Hat Sanatları Müzesi
- Türkiye Denizcilik İşl. Tarih ve Sanat Merkezi Müzesi
- Yapı Kredi Vedat Nedim Tör Müzesi
- Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Deontoloji A.B.D. Bşk. Müzesi
- İzmir Arkeoloji Müzesi
- İzmir Atatürk Evi Müzesi
- Bergama Müzesi
- Çeşme Müzesi
- Efes Müzesi
- Ödemiş Müzesi
- Tire Müzesi
- Ümran Baradan Çocuk Müzesi
- Ümran Baradan Çocuk Müzesi
- TCDD Selçuk Çamlık Açık Hava Buharlı Lokomotif Müzesi
- TCDD 3. Bölge Müze ve Sanat Galerisi
- Kahramanmaraş Müzesi
- Karabük Demir Çelik Sanayi Müzesi
- Karaman Müzesi
- Kars Müzesi
- Kayseri Müzesi
- Kayseri Atatürk Evi Müzesi
- Kayseri Etnoğrafya Müzesi
- Erciyes Ü. Gevher Nesibe Tıp Tarihi Müzesi
- MKE Silahsan Özel Müzesi
- Kırklareli Müzesi
- Kocaeli Arkeoloji Müzesi (Av Köşkü)
- Kocaeli Etnografya Müzesi (Saatçi Ali Efendi Konağı)
- Osman Hamdi Bey ve Müzesi
- Konya Ereğli Müzesi
- Mevlana Müzesi
- Konya Arkeoloji Müzesi
- Konya Atatürk evi Müzesi
- Karatay Medresesi (Çini Eserler Müzesi)
- Sırçalı Medrese (Mezar Anıtları Müzesi)
- İnce Minare (Taş-Ahşap Eserleri Müzesi)
- Konya İzzet Koyunoğlu Şehir Müzesi
- Kütahya Arkeoloji Müzesi
- Kossuth Evi Müzesi
- Çini Müzesi
- Sadık Atakan Özel Çini Müzesi
- Dumlupınar Müzesi
- Tavşanlı Belediyesi Müzesi
- Malatya Müzesi
- İnönü Ü. İsmet İnönü Müzesi
- Manisa Etnoğrafya Müzesi
- Kenan Evren Etnoğrafya Müzesi
- Mersin Müzesi
- Mersin Atatürk Evi Müzesi
- Anamur Müzesi
- Silifke Müzesi
- Silifke Atatürk Evi Müzesi
- Silifke Taşucu Amphora Müzesi
- Narlıkuyu Mozaik Müzesi
- St.Paul Anıt Müzesi
- Bodrum Kalesi (Sualtı Arkeoloji Müzesi)
- Milas Müzesi
- Iassos Balık Pazarı Açık Hava Müzesi
- Fethiye Müzesi
- Marmaris Kalesi ve Arkeoloji Müzesi
- Marmaris Halıcı Ahmet Urkay Müzesi
- Konya Ereğli Müzesi
- Mevlana Müzesi
- Konya Arkeoloji Müzesi
- Konya Atatürk evi Müzesi
- Karatay Medresesi (Çini Eserler Müzesi)
- Sırçalı Medrese (Mezar Anıtları Müzesi)
- İnce Minare (Taş-Ahşap Eserleri Müzesi)
- Konya Etnoğrafya Müzesi
- Kütahya Arkeoloji Müzesi
- Kossuth Evi Müzesi
- Çini Müzesi
- Dumlupınar Müzesi
- Tavşanlı Belediyesi Müzesi
- Malatya Müzesi
- İnönü Ü. İsmet İnönü Müzesi
- Manisa Etnoğrafya Müzesi
- Kenan Evren Etnoğrafya Müzesi
- Mersin Müzesi
- Mersin Atatürk Evi Müzesi
- Anamur Müzesi
- Silifke Müzesi
- Silifke Atatürk Evi Müzesi
- Silifke Taşucu Amphora Müzesi
- Narlıkuyu Mozaik Müzesi
- Tarsus Müzesi
- St.Paul Anıt Müzesi
- Bodrum Kalesi(Sualtı Arkeoloji Müzesi)
- Muğla Müzesi
- Milas Müzesi
- Fethiye Müzesi
- Marmaris Kalesi ve Arkeoloji Müzesi
- Ürgüp Müzesi
- Nevşehir Müzesi
- Hacıbektaş Müzesi
- Hacıbektaş Atatürk Evi Müzesi
- Arkeoloji ve Etnoğrafya Müzesi
- Niğde Müzesi
- Rize Müzesi
- Sakarya Müzesi
- Sakarya, Geyve Ali Fuat Paşa Kuvayı Milliye Müzesi
- Samsun Arkeoloji ve Etnografya Müzesi
- Havza Atatürk Evi (Mustafa Kemal Paşa Havza Karargahı)
- Sinop Cezaevi (Sinop Kalesi)
- Atatürk Kongre ve Etnoğrafya Müzesi (Sivas Kongre Binası)
- Atatürk Kongre ve Etnoğrafya Müzesi(Sivas Kongre Binası)
- Aşık Veysel Müzesi
- İnönü Etnoğrafya Müzesi
- Tekirdağ Müzesi
- Rakoczi Müzesi
- Tokat Müzesi
- Sümela Manastırı
- Trabzon Ayasofya Müzesi
- Atatürk Müzesi (Köşk) (Trabzon)
- Trabzon Müzesi (Kostaki Konağı)
- Uşak Müzesi
- Uşak Atatürk ve Etnografya Müzesi
- Van Müzesi
- Yozgat Etnoğrafya Müzesi (Nizamoğlu Konağı)
- Yozgat Arkeoloji Müzesi (Karslıoğlu Konağı)
- Zonguldak Müzesi
- Karadeniz Ereğli Müzesi