12 Eylül 1966 yılında açılan müze, 2011 yılında yeniden düzenlenmiştir. Müzede, Boğazköy-Hattuşa kazılarında açığa çıkan eserler sergilenmektedir.
Müze teşhir salonlarında yapılan tematik ve kronolojik sergilemede Kalkolitik, Eski Tunç, Asur Ticaret Kolonileri, Hitit Çağı, Demir Çağı (Frig), Galat, Roma ve Bizans dönemi eserleri yer almaktadır.
Bakanlığımızın girişimleri sonucunda Berlin Müzesi’nden iadesi sağlanan Boğazköy Sfenksi, İstanbul Arkeoloji Müzeleri Müdürlüğü’nde bulunan diğer Sfenksi ile birlikte 26 Kasım 2011 tarihinden itibaren Boğazköy Müzesinde sergilenmektedir.
Türkiye'deki Müzeler
- Adana - Atatürk ve Kültür Müzesi
- Adana Arkeoloji Müzesi
- Adana Etnografya Müzesi
- Adıyaman Müzesi
- Afyon Arkeoloji Müzesi
- Afyon Bolvadin Müzesi
- Afyon Zafer Müzesi
- Aksaray Müzesi
- Alagöz Karargah Müzesi
- Amasya Alpaslan Belediyesi Müzes
- Ankara A.O.Ç.Atatürk Evi Müzesi
- Ankara Beypazarı Tarih ve Kültür Müzesi
- Ankara Devlet Resim ve Heykel Müzesi
- Ankara Etnografya Müzesi
- Ankara Eğit-Der Eğitim Müzesi
- Ankara G.Ü.Mesleki Eğitim Fakültesi Müzesi
- Ankara Meteoroloji Müzesi
- Ankara PTT Müzesi
- Ankara Roma Hamamı
- Ankara Ziraat Bankası Müzesi
- Ankara Üniversitesi Eğitim Bilimleri Fakültesi Oyuncak Müzesi
- Atatürk ve Kurtuluş Savaşı Müzesi
- Karatepe Aslantaş Müzesi
- Misis Mozaik Müzesi
- Ankara 75.Yıl Cumhuriyet Eğitim Müzesi
- Ankara TCDD Açıkhava Buharlı Lokomotif Müzesi
- Ankara Telekomünikasyon Müzesi
- Gordion Müzesi
- Mehmet Akif Ersoy Müze Evi
- ODTÜ Bilim ve Teknoloji Müzesi
- Şefik Bursalı Müze Evi
- Pembe Köşk
- Ankara MTA Tabiat Tarihi Müzesi
- Antalya Müzesi
- Alanya Arkeoloji Müzesi
- Alanya Atatürk Evi Müzesi
- Alanya Müzesi
- Suna-İnan Kıraç Kaleiçi Müzesi
- Side Müzesi
- İç Kale Müze Projesi
- Afrodisias Müzesi
- Aydın Müzesi
- Milet Müzesi
- Yörük Ali Efe Müzesi
- Aydın Fatma Suat Orhon Müze ve Sanat Evi
- Bandırma Arkeoloji Müzesi
- Ayşe Sıdıka Erke Etnografya Müzesi
- Amasra Müzesi
- Bilecik-Söğüt Müzesi
- Ahlat Müzesi
- Bolu Müzesi
- Burdur Müzesi
- Taşoda Etnoğrafya Müzesi
- Bursa Arkeoloji Müzesi
- Bursa Kent Müzesi
- Bursa Ormancılık Müzesi
- Bursa Sağlık Müzesi
- Bursa Tofaş Anadolu Arabaları Müzesi
- Hünkar Köşkü
- Mudanya Mütareke Evi
- Uluumay Osmanlı Halk Kıyafetleri ve Takıları Müzesi
- Bursa Atatürk Evi Müzesi
- Türk ve İslam Eserleri Müzesi
- Yenişehir Şemaki Evi Müzesi
- Mudanya Tahir Paşa Konağı Müzesi
- İznik Müzesi
- İznik Ayasofya Müzesi
- Çanakkale Arkeoloji Müzesi
- Bozcaada Yerel Tarih Müzesi
- Çanakkale Bigalı Atatürk Evi Müzesi
- Gelibolu Yarımadası Tarihi Milli Parkı
- Çanakkale Kabatepe Tanıtma Merkez
- Çanakkale Şehitler Abidesi Harp Müzesi
- Çankırı Müzesi
- Çorum Müzesi
- Alacahöyük Müze ve Örenyeri
- Boğazköy Müzesi
- Hierapolis Arkeoloji Müzesi
- Denizli Atatürk Etnoğrafya Müzesi
- Ziya Gökalp Müzesi
- Cahit Sıtkı Tarancı Kültür Müzesi
- İkinci Beyazıt Külliyesi Sağlık Müzesi
- Edirne Arkeoloji ve Etnografya Müzesi
- Edirne Türk ve İslam Eserleri Müzesi
- Trakya Üniversitesi Lozan Anıtı, Meydanı ve Müzesi
- Edirne, Trakya Üniversitesi Sağlık Müzesi- Çağdaş Resim ve Heykel Müzesi
- Vali Fahri YÜCEL Edirne Kent Tarihi Müzesi
- Elazığ Müzesi
- Harput Müzesi
- Erzincan Müzesi
- Kemaliye Ali Gürer Özel Müzesi
- Erzurum Arkeoloji Müzesi
- Erzurum Atatürk Evi
- Yakutiye Medresesi
- 23 Temmuz Kongre Müzesi
- Yunus Emre Müzesi
- Seyitgazi Müzesi
- İnönü Savaşları Karargah Müzesi
- A.Ü. Cumhuriyet Tarihi Müzesi
- Eskişehir TCDD Müzesi
- Gaziantep Arkeoloji Müzesi
- Hasan Süzer Etnoğrafya Müzesi
- Yesemek Açıkhava Müzesi
- Gaziantep Kent Müzesi
- Giresun Müzesi (Gogora Kilisesi)
- Hatay Arkeoloji Müzesi
- St.Pierre Kilisesi (Anıt Müze)
- Isparta Müzesi
- Yalvaç Müzesi
- Askeri Müze
- Ayasofya Müzesi
- Aya İrini Müzesi
- Aynalıkavak Kasrı
- Beylerbeyi Sarayı
- Dolmabahçe Sarayı
- Çırağan Sarayı
- Çinili Köşk
- Florya Atatürk Köşkü
- Kariye Müzesi
- Küçüksu Sarayı
- Mecma-ı í‚sar-ı Atika Müzesi
- Miniatürk
- Orhan Kemal Müzesi
- Sadberk Hanım Müzesi
- Sait Faik Müzesi
- Sultan II. Bayezid Külliyesi Sağlık Müzesi
- Türk ve İslam Eserleri Müzesi
- Yedikule Zindanları
- Yerebatan Sarnıcı
- Yıldız Sarayı
- İstanbul Arkeoloji Müzeleri
- İstanbul Deniz Müzesi
- İstanbul Oyuncak Müzesi
- 500. Yıl Vakfı Türk Musevileri Müzesi
- Büyük Saray Mozaikleri Müzesi
- İmrahor Sarayı
- Fethiye Müzesi
- Tekfur Sarayı
- Anadolu Hisarı
- Rumeli Hisarı
- Şerifler Yalısı
- Adam Mickeiexic Müzesi
- Aydınlatma ve Isıtma Araçları Müzesi
- Ercüment Kalmık Müzesi
- Denizcilik ve Su Ürünleri Müzesi
- İstanbul Halı Müzesi
- Haluk Perk Müzesi
- Karikatür ve Mizah Müzesi
- Kazım Karabekir Paşa Müzesi
- Kilim ve Düz Yaygılar Müzesi
- Kont Seçini İtfaiye Müzesi
- İstanbul Resim ve Heykel Müzesi
- Polis Müzesi
- İstanbul PTT Müzesi
- Rahmi M. Koç Sanayi Müzesi
- Sadberk Hanım Müzesi
- Sait Faik Abasıyanık Müzesi
- Yıldız Şehir Müzesi
- Tanzimat Müzesi
- Türk İnşaat ve Sanat Eserleri Müzesi
- Türk Vakıf Hat Sanatları Müzesi
- Türkiye Denizcilik İşl. Tarih ve Sanat Merkezi Müzesi
- Yapı Kredi Vedat Nedim Tör Müzesi
- Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Deontoloji A.B.D. Bşk. Müzesi
- İzmir Arkeoloji Müzesi
- İzmir Atatürk Evi Müzesi
- Bergama Müzesi
- Çeşme Müzesi
- Efes Müzesi
- Ödemiş Müzesi
- Tire Müzesi
- Ümran Baradan Çocuk Müzesi
- Ümran Baradan Çocuk Müzesi
- TCDD Selçuk Çamlık Açık Hava Buharlı Lokomotif Müzesi
- TCDD 3. Bölge Müze ve Sanat Galerisi
- Kahramanmaraş Müzesi
- Karabük Demir Çelik Sanayi Müzesi
- Karaman Müzesi
- Kars Müzesi
- Kayseri Müzesi
- Kayseri Atatürk Evi Müzesi
- Kayseri Etnoğrafya Müzesi
- Erciyes Ü. Gevher Nesibe Tıp Tarihi Müzesi
- MKE Silahsan Özel Müzesi
- Kırklareli Müzesi
- Kocaeli Arkeoloji Müzesi (Av Köşkü)
- Kocaeli Etnografya Müzesi (Saatçi Ali Efendi Konağı)
- Osman Hamdi Bey ve Müzesi
- Konya Ereğli Müzesi
- Mevlana Müzesi
- Konya Arkeoloji Müzesi
- Konya Atatürk evi Müzesi
- Karatay Medresesi (Çini Eserler Müzesi)
- Sırçalı Medrese (Mezar Anıtları Müzesi)
- İnce Minare (Taş-Ahşap Eserleri Müzesi)
- Konya İzzet Koyunoğlu Şehir Müzesi
- Kütahya Arkeoloji Müzesi
- Kossuth Evi Müzesi
- Çini Müzesi
- Sadık Atakan Özel Çini Müzesi
- Dumlupınar Müzesi
- Tavşanlı Belediyesi Müzesi
- Malatya Müzesi
- İnönü Ü. İsmet İnönü Müzesi
- Manisa Etnoğrafya Müzesi
- Kenan Evren Etnoğrafya Müzesi
- Mersin Müzesi
- Mersin Atatürk Evi Müzesi
- Anamur Müzesi
- Silifke Müzesi
- Silifke Atatürk Evi Müzesi
- Silifke Taşucu Amphora Müzesi
- Narlıkuyu Mozaik Müzesi
- St.Paul Anıt Müzesi
- Bodrum Kalesi (Sualtı Arkeoloji Müzesi)
- Milas Müzesi
- Iassos Balık Pazarı Açık Hava Müzesi
- Fethiye Müzesi
- Marmaris Kalesi ve Arkeoloji Müzesi
- Marmaris Halıcı Ahmet Urkay Müzesi
- Konya Ereğli Müzesi
- Mevlana Müzesi
- Konya Arkeoloji Müzesi
- Konya Atatürk evi Müzesi
- Karatay Medresesi (Çini Eserler Müzesi)
- Sırçalı Medrese (Mezar Anıtları Müzesi)
- İnce Minare (Taş-Ahşap Eserleri Müzesi)
- Konya Etnoğrafya Müzesi
- Kütahya Arkeoloji Müzesi
- Kossuth Evi Müzesi
- Çini Müzesi
- Dumlupınar Müzesi
- Tavşanlı Belediyesi Müzesi
- Malatya Müzesi
- İnönü Ü. İsmet İnönü Müzesi
- Manisa Etnoğrafya Müzesi
- Kenan Evren Etnoğrafya Müzesi
- Mersin Müzesi
- Mersin Atatürk Evi Müzesi
- Anamur Müzesi
- Silifke Müzesi
- Silifke Atatürk Evi Müzesi
- Silifke Taşucu Amphora Müzesi
- Narlıkuyu Mozaik Müzesi
- Tarsus Müzesi
- St.Paul Anıt Müzesi
- Bodrum Kalesi(Sualtı Arkeoloji Müzesi)
- Muğla Müzesi
- Milas Müzesi
- Fethiye Müzesi
- Marmaris Kalesi ve Arkeoloji Müzesi
- Ürgüp Müzesi
- Nevşehir Müzesi
- Hacıbektaş Müzesi
- Hacıbektaş Atatürk Evi Müzesi
- Arkeoloji ve Etnoğrafya Müzesi
- Niğde Müzesi
- Rize Müzesi
- Sakarya Müzesi
- Sakarya, Geyve Ali Fuat Paşa Kuvayı Milliye Müzesi
- Samsun Arkeoloji ve Etnografya Müzesi
- Havza Atatürk Evi (Mustafa Kemal Paşa Havza Karargahı)
- Sinop Cezaevi (Sinop Kalesi)
- Atatürk Kongre ve Etnoğrafya Müzesi (Sivas Kongre Binası)
- Atatürk Kongre ve Etnoğrafya Müzesi(Sivas Kongre Binası)
- Aşık Veysel Müzesi
- İnönü Etnoğrafya Müzesi
- Tekirdağ Müzesi
- Rakoczi Müzesi
- Tokat Müzesi
- Sümela Manastırı
- Trabzon Ayasofya Müzesi
- Atatürk Müzesi (Köşk) (Trabzon)
- Trabzon Müzesi (Kostaki Konağı)
- Uşak Müzesi
- Uşak Atatürk ve Etnografya Müzesi
- Van Müzesi
- Yozgat Etnoğrafya Müzesi (Nizamoğlu Konağı)
- Yozgat Arkeoloji Müzesi (Karslıoğlu Konağı)
- Zonguldak Müzesi
- Karadeniz Ereğli Müzesi